Сначала очищаем строки содержащие решетку с начале строки, затем удаляем пустые строки.

$ sed -i -e 's/#.*//' -e '/^$/d' filename.conf

Можно для удобства создать свою комманду, передав которой имя файла в качестве аргумента добьемся того же результата:

$ touch cc # или /usr/bin/cc
$ chmod +x cc
$ echo "sed -i -e 's/#.*//' -e '/^$/d' $1" > cc

$ cat ssh_config
Include /etc/ssh/ssh_config.d/*.conf

Host *
#   PasswordAuthentication yes
#   HostbasedAuthentication no
#   GSSAPIAuthentication no
#   ProxyCommand ssh -q -W %h:%p gateway.example.com
#   RekeyLimit 1G 1h
#   UserKnownHostsFile ~/.ssh/known_hosts.d/%k
    SendEnv LANG LC_*
    HashKnownHosts yes
    GSSAPIAuthentication yes
$ ./cc ssh_config
$ cat ssh_config
Include /etc/ssh/ssh_config.d/*.conf
Host *
    SendEnv LANG LC_*
    HashKnownHosts yes
    GSSAPIAuthentication yes